金章宗時期（一一九０至一二０八年），道士孫明道據宋版《萬壽道藏》．《 政和道藏》編纂成《大金玄都寶藏》，六千四百五十五卷。又經過五十餘年，元初全真道士宋德方（披雲）．秦志安等又募緣再修《道藏》，將全真道造作的道書參入《道藏》，使全真道與正一道統為一流。這部《道藏》也名《玄都寶藏》，增加到七千八百餘卷。元憲宗時（一二五一至一二五九年）曾遭焚經。這是元代的第一次焚經。到元世祖至元十八年（一二八一年），又招致焚經，世祖詔令除《道德經》外，所有道書及印版一齊燒毀。這是元代的第二次焚經。因此《道藏》所收道書大都奠佚或被毀於火。到了明代，成祖朱棣即位之初（一四０三年），曾敕令第四十三代天師張宇初重編《道藏》，永樂四年（一四０六年）又敕真人張宇初，前者命爾編修道書，可早完進來，通類刊版，故敕。（《漢天師世家》）永樂八年（一四一０年），張宇初去世，詔令第四十四代天師張宇清繼續主持編修；宣宗宣德二年（一四二七年）張宇清卒，未完成。明英宗正統年間又繼續纂修，到正統九年（一四四四年）始行刊版。英宗又詔令道士邵以正（通妙真人）督校あ，增所未備，正統十年校刊完成，名《正統道藏》，計四百八十函，五千三百０五卷，按三洞．四輔．十二類分類，以《千字文》為函目，自天字至英字，每函各為若干卷。刊行多部，英宗分賜國內各大名山道觀珍藏。據白雲觀《賜經碑》記載：
　　太宗文皇帝臨御之日，嘗命道流合《道藏》之諸品經纂輯校正，將鋟梓以傳。爾功未就緒，奄忽上憲肆。今皇上以至聖之德，統承天位，體皇曾祖之心，以天下生民為念。遵先志，於是重加訂正，增所未備，用壽諸梓，計五千三百五卷，通四百八十函。其為經包括三乘，類分條析，自太上立教之端，以至道家從事之要，罔不備載。于以頒之天下，藏之名山秘宇，聽所在道官道士看誦贊揚。上為國家祝釐，下為生民祈福，甚盛舉也。

明神宗萬曆年間，又刊佈《續道藏》。萬曆卅五年（一六０一年），龍虎山第五十代天師張國祥，奉神宗朱翊鈞之命，續補《道藏》三十二函，仍以《千字文》為函次，自杜字號刊至府字號或將字號，名《萬曆續道藏》。《續道藏》將《焦氏易林》及堪輿之書亦收於內。以上明代的正．續《道藏》，共計五千四百八十五卷，五百二十函，即現在尚保存的明版《道藏》。

　　明《正統道藏》雖刻於明，實源於宋。其缺陷有二：

　　一．μ搜訪道書不夠周遍，當時福建龍溪縣玄妙觀尚存有《政和道藏》五百六十四函，未運往北京，據此以增補之；不然，今《道藏闕經目錄》所著錄道書，皆可收入《正統道藏》。當時僅據所存元初宋德方刊行《玄都寶藏》殘藏，再增入元明二代道書成藏。

　　二．選擇不精，將偽托呂祖．文昌降筆等扶鸞之書，亦均刊入。使內容天為芫雜。
　　
　　在永樂中參與編修《道藏》的道士有涂省躬，正統中有喻道純．湯希文ぃ。

　　到明熹宗天啟六年（一六二六年），有一位著名道士白雲霽作《道藏目錄詳注》。後載入清紀昀等所編《四庫全書》子部道家類。《四庫全書提要》說：
　　雲霽字明之，號在虛子，上元人。是書成於天啟丙寅，以《道藏》之文，分門編次，大綱分三洞四輔十二類，每條各有解題，如《崇文總目》．《郡齋讀書誌》之例。諸書多捃拾以足卷帙。如劉牧《周易鉤隱圖》．《遺論九事》．張理《易象圖說內外篇》．雷思齊《易外別傳》（此本俞琰之書，雲霽誤以為思齊）．《易筮通變》．《易圖通變》，舊皆入易類。……雖配隸或有未安，門目或有改易，然總無以為道家言者，今一概收載，殊為牽強。蓋二氏之書，往往假借附會，以自尊其教，不足深詰也。

白雲觀所藏《正統道藏》，到道光時（一八二一至一八五０年）已多殘闕，有王廷弼出資修補，至同治間（一八六二至一八七四年）始修補告竣。有關明版《道藏》編修刊刻始末，大體如是。

　　關於明清間刊行的重要道書，首先便得提到《道藏輯要》。清康熙年間（一六六二至一七二二年），彭定求選《正統道藏》中所收道書的一部份，約二百多種，編成《道藏輯要》，實為《正統道藏》的節本，按廿八宿字號，分成廿八集，共二百餘冊。清嘉慶年間（一七九六至一八二０年），蔣元庭又編《道藏輯要目錄》，這時已包括道書二百七十九種，共二百六十八冊，分裝廿八函。清光緒卅二年（一九０六年），成都二仙庵又予翻刻，並有增加，其中收有清代晚出之道書，不過選擇亦有不精之處。賀龍驤為撰《重刊道藏輯要子目初編》，其序曰：
　　我朝彭定求相公撰《道藏輯要》一書，為世稱快。惜原書總目止載卷數，未列子目，莽如淵海，下士難窺，不久書帙放失，雖達士通人亦罕識宗旨焉。今成都二仙庵重刻《道藏輯要》，倘再不為條分縷析，著諸目錄，則玄宗所在，講識仍艱，後再闕佚，誰與知之？

現此部《道藏輯要》刻版，保存在成都青羊宮。

　　至民國十四年（一九二五年），上海涵芬樓將北京白雲觀所藏《正統道藏》影印發行，除將原版面縮小外，並將梵夾本改線裝方冊。《正統道藏》得以為廣大學者所睹。到一九四八年，上海詁林精舍出版社又出版了守一子編《道藏精華錄》，包括道書一百種。其所選書亦選自《正統道藏》及《道藏輯要》；不過所選者未必是精華。丁福保撰《疇隱居士學術史》中錄有《道藏精華錄緒言》，簡述了道教源流．道藏源流．編輯宗旨及十集一百種道書簡介。以後又有《道藏舉要》，選入一 百七十六種道書。以上均屬巨帙道教類書。

　　明清間也出現了不少著名的道書作者，他們各依其信仰造作道書，演化教義。 如明代便有：

張宇初撰：《元始無量度人上品妙經通義》四卷（《正統道藏》洞真部玉訣類）．《道門十規》（《正統道藏》正一部）．《三十代天師虛靖真君語錄》七卷（《正統道藏》正一部）。

張君寶撰：《三豐真人玄譚全集》．
　　　　　《三豐丹訣》．
　　　　　《張三豐先生全集》（《道藏輯要》畢帙）。

邵以正撰：《長春劉真人語錄》。

陸西星撰：《方壺外史》八卷．
　　　　　《道言五種》。

伍守陽撰：《天仙正理》二卷．
　　　　　《伍真人丹道九篇》．
　　　　　《金丹要訣》．
　　　　　《仙佛合宗語錄》（道藏輯要》畢帙）。

蔣一彪輯：《古文參同契集解》三卷．
　　　　　《參同契箋注集解》三卷．
　　　　　《三相類集解》二卷。

高濂撰：《經三尸符咒》．
　　　　《守庚申法》．
　　　　《續神咒錄》．
　　　　《服氣法》。

彭好古撰：《金丹四百字注》．
　　　　　《金丹四百字注解》。

朱權（臞仙）撰：《天皇至道太清玉冊》八卷。

洪應明撰：《月旦堂仙佛奇蹤》八卷。

李文燭撰：《金丹四百字解》．
　　　　　《黃白鏡》二卷。

王一清撰：《金丹四百字注解》。

胡文煥輯：《類修要訣》二卷，續附一卷。

孫汝忠撰：《頂批金丹真傳》。

沖一真君撰：《福嗣奇談》二卷，附一卷。

黃淵耀撰：《玉版錄》。

　　清代的著名作者及新出道書有：

董德寧撰：《黃帝陰符經本義》二卷．
　　　　　《太上黃庭經發微》二卷．
　　　　　《仙傳宗源》．
　　　　　《悟真篇正義》．
　　　　　《元丹篇》．
　　　　　《丹道發微》．
　　　　　《性學筌蹄》．
　　　　　《周易參同契正義》三卷。

劉一明撰：《黃帝陰符經注》．
　　　　　《黃庭經解》．
　　　　　《悟真篇直指》四卷．
　　　　　《敲爻歌直解》．
　　　　　《百字碑注》．
　　　　　《修真辨難》二卷．
　　　　　《神室八法》．
　　　　　《無根樹解》．
　　　　　《悟道錄》二卷．
　　　　　《參同契經文直指》三卷．
　　　　　《參同契直指箋注》三卷．
　　　　　《參同契直指三相類》二卷．
　　　　　《西遊原旨讀法》。

閔一得撰：《黃帝陰符經玄解正義》．
　　　　　《雨香天經咒》六卷．
　　　　　《天仙道戒忌須知》．
　　　　　《道規玄妙》二卷．
　　　　　《棲雲山悟元子修真辨難參證》二卷．
　　　　　《皇極闔辟證道仙經》三卷訂正．
　　　　　《泄天機》．
　　　　　《管窺篇》．
　　　　　《天仙心傳》三卷附錄一卷．
　　　　　《天仙道程寶則》．
　　　　　《西王母修正途十則》．
　　　　　《泥丸李祖師女宗雙修寶身筏》．
　　　　　《讀呂祖三尼醫世說述管窺》．
　　　　　《寥陽殿問答編》訂正．
　　　　　《三懶心恬》．
　　　　　《智慧真言注》．
　　　　　《一目真言注》．（《古書隱樓藏書》）．
　　　　　《增智慧真言注》（《古書隱樓藏書》）．
　　　　　《祭煉心咒注》（《古書隱樓藏書》）。

傅金銓撰：《天仙正理讀法點睛》．《丹經示讀》．
　　　　　《道書試金石》．《新鐫道書度人梯經》八卷．
　　　　　《道書一貫真機易簡錄》十二卷．《性天正鵠》．
　　　　　《新鐫道書樵陽經》．《道書杯溪錄》三卷．
　　　　　《心學》三卷．《赤水吟》。

朱珪校：《陽騭文注》．《文昌孝經》．《真經》．
　　　　《元皇大道真君救劫寶經》。

惠棟撰：《太上感應篇注》二卷。

王常月撰：《初真戒律》。

朱元育撰：《悟真篇闡幽》三卷(收存於《道藏輯要》奎帙)．
　　　　　《參同契闡幽》三卷。

王守上閱：《三寶萬靈法懺》。

張持真輯：《懺法大觀》六卷。

彭定求：《真詮》三卷校正。

王仁俊輯：《靈寶要略》。

陶素耜撰：《周易參同契脈望》三卷．
　　　　　《承志錄》三卷。

李光地撰：《參同契注》．《陰符經注》。

袁仁林撰：《古文周易參同契注》八卷。

汪紱撰：《讀參同契》三卷．《讀陰符經》。

紀大奎撰：《周易參同契集韻》六卷。

俞樾撰：《讀抱朴子》．《抱朴子平議補錄》．
　　　　《太上感應篇纘義》二卷。

王士瑞注：《養生集》二卷（《道藏輯要》觜帙）。

江含春撰：《解真篇》．《金丹悟》．《金丹疑》。

施守平撰：《碧苑壇經》三卷。

陶太定撰：《呂祖師三尼醫世說述》。

薜陽桂撰：《梅華問答篇》。

李德洽原述：《上品丹法節次》。

章世乾撰：《元丹篇約注》三卷。

劉鴻典撰：《感應篇韻語》。

蔣國祚撰：《太上黃庭內景經注》一卷．
　　　　　《太上黃庭外景經注》三卷（《道藏輯要》尾帙）

　　順便提一下敦煌古籍中的道書。在清光緒廿五年（一八九九年），道士王圓籙偶而發現了敦煌莫高窟石室遣書，其中便有不少唐．五代人所抄寫的道書。不幸的是，這時正是帝國主義侵華最嚴重的時期，這些深藏幾近千年的寶貴文獻，大都被外國人所盜走，一部份今在倫敦不列顛博物館，一部份今在巴黎國立圖書館。劫餘部份今藏在北京圖書館。敦煌古籍中的想爾注《老子道德經》殘卷．《老子化胡經》卷一．卷十．河上公注《老子道德經》等有關道教古籍又得重現，這對我們了解早期道教的教義，有重要價值。